2012年我國管轄海域94%的海水水質符合*類海水水質標準，但近岸海域污染問題依舊突出，生態系統健康狀況不佳。近岸海域海水水質為劣四類的近海海域的面積較上年明顯加大，約1.9萬平方公里， 81%實施監測的近岸河口還有海灣等非常典型的海洋生態系統則處于亞健康和不健康的狀態，入洋入海排污口超標排放現象依然嚴重，河流污染物排放居高不下。
公報同時顯示：蓬萊19-3油田溢油事故和大連新港“7.16”油污事件對鄰近海域生態環境造成的污染損害依然存在。日本福島核泄露事故未對我國管轄海域造成影響，但日本福島以東及東南方向的西太平洋海域仍受到福島核泄漏事故影響顯著。
國家海洋環境監測中心主任關道明：“離我們國家大陸架專屬經濟區比較近的海域，中國臺灣以南的地方發現了核輻射。從目前來看，在太平洋的水里捕到的魚都或多或少的有核污染，但是我們掌握的情況是還不足以核威脅和安全影響，至于說超標很多倍的，目前我們海洋局檢測的品種中，還未發現大規模超標的，一旦發現，會及時向公眾公布，以保證大家的食品安全。”